با اعلام باشگاه پرسپولیس، محمد انصاری به سمت معاونت ورزشی باشگاه پرسپولیس منصوب شد. محمد انصاری در طول چهار فصل حضور در جمع سرخپوشان، ۹۹ بازی برای پرسپولیس انجام داد و ضمن حضور در فینال لیگ قهرمانان آسیا، قهرمانی در لیگ برتر خلیج فارس و جام حذفی کشور را کسب کرد.

پیش از حسین بادامکی، در سمت معاونت ورزشی باشگاه حضور داشت که به تازگی به کادرفنی تیم خیبر خرم آباد اضافه شد و از سمتش در باشگاه پرسپولیس کناره گیری کرد.